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20世紀80年代初，中國科學院89位院士(學部委員)致函黨中央、國務院，建議借鑒國際成功經驗，設立面向全國的自然科學基金，得到黨中央、國務院的首肯。隨后，在小平同志的親切關懷下，國務院于1986年2月14日正式批準成立國家自然科學基金委員會（簡稱自然科學基金委，英文名稱為National Natural Science Foundation of China，縮寫為NSFC）。

自成立以來，在黨中央、國務院的正確領導下,在國務院有關部門及廣大科技工作者的支持下，自然科學基金委堅持以支持基礎研究為主線，以深化改革為動力，確立了依靠專家、發揚民主、擇優支持、公正合理的評審原則，建立了科學民主、平等競爭、鼓勵創新的運行機制，健全了決策、執行、監督、咨詢相互協調的管理體系，形成了以《國家自然科學基金條例》為核心、包括組織管理、程序管理、資金管理、監督保障在內的規章制度體系，形成了包括探索、人才、工具、融合四大系列組成的資助格局。國家自然科學基金聚焦基礎、前沿、人才，注重創新團隊和學科交叉，為全面培育我國源頭創新能力作出了重要貢獻，成為我國支持基礎研究的主渠道。2018年，根據《深化黨和國家機構改革方案》，自然科學基金委由國務院直屬事業單位改由科學技術部管理，依法管理國家自然科學基金，相對獨立運行，負責資助計劃、項目設置和評審、立項、監督等組織實施工作。

當前，新一輪科技革命蓬勃興起，科研范式和組織模式深刻變革，交叉融合成為科學技術發展潮流，應對全球性挑戰和滿足國家重大需求對源頭創新的需求更加迫切。黨的十九大明確了建設科技強國的奮斗目標，確定了新時代基礎研究發展的新任務新要求。國家對基礎研究高度重視并寄予厚望，基礎研究迎來了難得的歷史機遇和前所未有的巨大挑戰。

習近平總書記深刻指出：“基礎研究是整個科學體系的源頭，是所有技術問題的總機關”“科技領域是最需要不斷改革的領域”。新時代應有新面貌新作為。第八屆國家自然科學基金委員會第一次全體委員會議確立了構建新時代科學基金體系的改革目標和深化改革方案。自然科學基金委將認真貫徹黨中央、國務院決策部署，按照科技部統一安排，加強黨對科學基金事業的領導，深化科學基金改革，在未來5至10年實現：基于科學問題屬性分類的資助導向；負責任、講信譽、計貢獻的智能輔助分類評審機制；源于知識體系邏輯結構、促進知識和應用融合的學科布局。